La creación del Instituto de Derechos Humanos Ignacio Ellacuría como parte de la Universidad Iberoamericana Puebla, responde al reto universitario de fortalecer la pertinencia social de la Universidad. Perspectiva que centra su interés en la dignidad humana y en las condiciones materiales, sociales, políticas y espirituales que la hacen posible históricamente.

En este sentido, para que una perspectiva de derechos humanos sea pertinente socialmente dentro de la Universidad,  se requiere sentar las bases para que los universitarios establezcan procesos de reflexión- acción sobre la realidad concreta e histórica de Puebla, el sureste mexicano y  Mesoamérica. Sólo de esta manera será posible pensar la formación para la acción transformadora personal y colectivamente, radical en la búsqueda de condiciones para la igualdad y la equidad social, así como la paz y la justicia.

Es así, que inspirado en Ignacio Ellacuría, jesuita que estableció procesos universitarios de impacto social y político, desde un país, El Salvador, que como el nuestro está marcado por la desigualdad, la inequidad y la violencia, nace el Instituto de Derechos Humanos Ignacio Ellacuría sj, con el fin de ser testimonio vivo en  tres condiciones esenciales para la pertinencia social:

1. A través de su trabajo cotidiano, establece procesos de investigación social desde una perspectiva de derechos humanos, siendo así fuente de conocimiento sobre las violaciones a los derechos humanos, tanto civiles y políticas como económicas, sociales, culturales y ambientales, teniendo como centro de conocimiento, el sureste mexicano y su vinculación mesoamericana.
2. Establece un fuerte vínculo con organizaciones civiles y sociales que luchan por la vigencia de los derechos humanos para ser testimonio vivo de acción transformadora de la universidad, tanto dentro como fuera de ella.
3. Se constituye como un espacio con el que se identifica la comunidad universitaria: profesionistas, estudiantes para sus prácticas profesionales y de servicio social, así como un espacio de voluntariado.

Entretanto, el IDHIE resguarda programas de la Universidad que están orientados hacia la incidencia y que permite la vocación de diálogo sociopolítico entre la Universidad y diferentes actores civiles e instituciones del Estado, para la solución de problemas públicos de derechos humanos: el Programa de Asuntos Migratorios, el Programa de Derechos Humanos, el Programa de Género y VIH,  el Programa Mesoamérica y Asuntos Indígenas y Programa sobre Trata y Tráfico de personas; sin descuido de otros que sean pertinentes socialmente para la misión del Instituto y de la Universidad.